El museo nace de un núcleo original dejado por Sigismondo Ala Ponzone (1761-1842), se trata de una colección de altísimo nivel siendo él mismo naturalista y preparador. En los años siguientes se han añadido otras colecciones donadas por naturalistas locales.

El recorrido propuesto está articulado en secciones, comienza con la sección histórica, constituida principalmente por el núcleo original Ala Ponzone, continúa con un paso a través de las disciplinas individuales: mineralogía, paleontología y zoología, para llegar a la lectura de nuestro territorio. El entorno natural y en particular el urbano permiten introducir un tema de gran actualidad aplicado a la situación local: una reflexión sobre la conservación de la biodiversidad. El espacio dedicado a la educación, interdisciplinaria y disponible para todas las secciones del Sistema museal, lleva en cambio a una reflexión sobre cómo el hombre utiliza los recursos de su territorio en relación con el tema de la relación río/ciudad que ha caracterizado la historia de nuestra comunidad.