El Museo Arqueológico se encuentra en el Palacio Giovio, residencia urbana de los condes del mismo nombre, desde 1897. Data de finales de la Edad Media, el edificio sufrió algunas reformas en el siglo XVI, pero tomó su forma actual en el XVIII con Giovan Battista Giovio, que también hizo arreglar los jardines, con la construcción de la escalera y el ninfeo. El museo está dividido en varias secciones, centrándose principalmente en la historia de la zona de Como, ilustrada por los hallazgos arqueológicos de los primeros vestigios de la ocupación humana. La sección prehistórica y protohistórica ofrece una imagen particularmente bien documentada de la cultura Golasecca, que se desarrolló en el área de Como en el primer milenio a. C. La sección romana presenta material de la ciudad de Novum Comum, fundada por Julio César, e ilustra los aspectos más destacados aspectos de la vida cotidiana de la época. Algunas salas están dedicadas a colecciones construidas en el siglo XIX, incluidas las que albergan hallazgos prehistóricos, objetos egipcios, jarrones griegos, gemas, monedas y pequeños bronces.