El apartamento noble es la parte más prestigiosa del Museo del Palacio. Las salas presentan un recorrido de visita que desarrolla dos niveles de lectura paralelos e integrados.
Por un lado, las decoraciones al fresco de las paredes de las salas, fechadas entre mediados del siglo XV y principios del XVI, obra de Giovanni del Sega y Bernardino Loschi, pintores de la corte de Alberto III Pío; por el otro, las obras del Renacimiento, que antes formaban parte de las colecciones de los Museos del Palazzo dei Pio, aquí expuestas.