El Museo Geológico y Paleontológico nació en 1860 gracias al trabajo de Giovanni Capellini , profesor y geólogo que un nombramiento ministerial llamó a ocupar la primera cátedra de Geología establecida en Italia en la Universidad de Bolonia . Sin embargo, la estructura abrió oficialmente sus puertas en 1881 con motivo del II Congreso Geológico Internacional en el que participaron estudiosos y profesores de diferentes países que contribuyeron a enriquecer la colección del museo trayendo para la ocasión importantes hallazgos de todo el mundo. y que fueron donados al museo una vez finalizado el simposio.

El núcleo original del Museo Geológico y Paleontológico, formado por la colección de Ulisse Aldrovandi y que data del siglo XVI, por Ferdinando Cospi y el Instituto de Ciencias fundado por Luigi Ferdinando Marsili , se fue ampliando y enriqueciendo así. Actualmente la colección da testimonio de más de quinientos años de actividad didáctica e investigación científica , con un patrimonio de casi un millón de piezas conservadas en el mobiliario original de finales del siglo XIX entre rocas, plantas, invertebrados y vertebrados fósiles.

En las salas se pueden admirar los espectaculares esqueletos del Mastodonte proboscidum del Plioceno, la rica colección de peces del Eoceno del Monte Bolca, las ballenas del Plioceno y el imponente dinosaurio del Jurásico modelo Diplodocus , de veintiséis metros de largo y cuatro de alto.