El Museo Diocesano y la Cripta de San Rufino se encuentran en el centro histórico de Asís. El Museo fue inaugurado en 1941 en los sótanos de la catedral y del palacio de los Canónigos. El objetivo del Museo es conservar y poner en valor las obras más importantes procedentes de la catedral y de algunos oratorios colindantes. La colección museística está compuesta por aproximadamente 300 obras expuestas en nueve secciones. De gran interés es sin duda el Corredor donde se exhiben hallazgos arqueológicos encontrados en la zona. La colección arqueológica está formada principalmente por capiteles esculpidos y el sarcófago del siglo II d.C. con el rito de la libación. Las otras salas presentan pinturas del Trecento y del Quattrocento y estandartes del Seicento con representaciones de San Francisco y Santa Catalina. Entre las obras más célebres se encuentra el Martirio de Santa Catalina de Alejandría de Orazio Riminaldi, conocido pintor de la Confraternita. La colección fue enriquecida con una importante donación de Frederick Mason Perkins, historiador del arte, residente durante algún tiempo en Asís. La cripta de San Rufino es una joya de la arquitectura románica que aún conserva las decoraciones originales. En particular, encontramos los cuatro símbolos de los evangelistas: el ángel de San Mateo, el león de San Marcos, el águila de San Juan y el toro de San Lucas.