El Museo Diocesano y la Cripta de San Rufino se encuentran en el centro histórico de Asís. El Museo fue inaugurado en 1941 en el sótano de la catedral y el Palazzo dei Canonici. El objetivo del museo es conservar y valorizar las obras más importantes de la catedral y algunos oratorios vecinos. La colección del museo consta de unas 300 obras expuestas en nueve secciones. De gran interés es sin duda el Corredor donde se exhiben hallazgos arqueológicos encontrados en la zona. La colección arqueológica está compuesta en su mayoría por capiteles esculpidos y el sarcófago del siglo II dC con el rito de la libación. Las otras salas ofrecen pinturas de los siglos XIV y XV y pendones del siglo XVII con representaciones de San Francesco y Santa Caterina. Entre las obras más famosas se encuentra el "Martirio de Santa Catalina de Alejandría" de Orazio Riminaldi, conocido pintor de la Cofradía. La colección se enriqueció con una importante donación de Frederick Mason Perkins, historiador del arte, que vivió algún tiempo en Asís. La cripta de San Rufino es una joya de la arquitectura románica que aún conserva la decoración original. En particular, encontramos los cuatro símbolos de los evangelistas: el ángel de San Mateo, el león de San Marco, el águila de San Juan y el toro de San Luca.