Le musée, inauguré en janvier 1989, succède au premier musée du site archéologique, créé en 1960 dans la Villa des Arènes, aujourd'hui Musée Matisse. Les collections contiennent des artefacts datant de l'âge des métaux et de l'Antiquité, se développant jusqu'au début du Moyen Âge. Les collections témoignent de la vie de Cemenelum (ancienne cité gallo-romaine) et de la province des Alpes Maritimes, à travers les nombreux objets et documents officiels ou privés découverts lors des fouilles archéologiques de 1950 à 1969 (et au-delà) dans le site archéologique acheté par la municipalité de Nice. En effet, des objets provenant de toute la région et ceux découverts dans l'épave du Fourmigue C au large de Golfe-juan sont présentés.