Le Musée de la Diocèse de Molfetta, Ruvo, Giovinazzo et Terlizzi, aménagé sur trois niveaux dans les élégants espaces du Collège des Jésuites du XVIIe siècle, aujourd'hui utilisé comme Évêché et Séminaire Épiscopal, abrite des œuvres de grande valeur historique, artistique, archéologique et liturgique, témoignages vivants de l'histoire et du chemin de foi parcouru par l'Église locale au fil des siècles.

Le parcours commence par une riche section archéologique, comprenant à la fois du matériel préhistorique et de l'ère préromaine. Une partie des collections les plus anciennes provient de la donation de l'Archiprêtre Giuseppe Maria Giovene (1753-1837), qui a rassemblé de nombreux artefacts du Pulo de Molfetta.

Au rez-de-chaussée, la salle du Lapidarium constitue l'un des témoignages les plus "vivants" de l'histoire de la Diocèse, aux côtés de la galerie exposant les vêtements liturgiques des évêques de la Diocèse du XVIIe siècle jusqu'à la fin du XIXe siècle.

Le rez-de-chaussée se termine par le Mystère Pascal, qui prend vie à partir des anciennes statues en bois de la Semaine Sainte de Molfetta et mène à la prolifique saison de la sculpture sur bois locale, liée aux modèles campaniens.

Le premier étage abrite la salle monumentale de la Bibliothèque du Séminaire Épiscopal, qui conserve plus de 70 000 volumes, dont des manuscrits incunables, des graduels, des livres du XVIe siècle et de nombreux volumes datant des XVIIe et XVIIIe siècles, provenant des fonds des bibliothèques des Jésuites et des Dominicains, enrichis par de nombreuses donations, ornés par la décoration à la tempera du plafond, réalisée entre 1890 et 1891 par l'artiste molfettese Michele Romano.

La galerie aménagée au deuxième étage du Musée vise à retracer l'évolution de la peinture locale et de la production méridionale contemporaine du XVIe siècle à nos jours.

La Salle du Trésor rassemble de manière typologique des meubles sacrés provenant du Trésor du Chapitre de la Cathédrale de Molfetta et de nombreuses églises et paroisses de la Diocèse, réalisés par des maîtres orfèvres actifs à Naples entre le XVIIe et le XIXe siècle.

La dernière section, dédiée à l'Art Contemporain, rassemble des œuvres d'artistes actifs dans le panorama culturel local et national, en constante croissance et évolution.

Enfin, la présence d'une salle immersive, d'espaces d'exposition pour des expositions temporaires et d'ateliers pour des activités éducatives font du Museo Diocesano un élément vivant en dialogue avec le territoire.

Depuis 2024, le Musée est géré par la Fondation Museo Diocesano, en collaboration avec les institutions et les lieux d'intérêt culturel de la Diocèse de Molfetta-Ruvo-Giovinazzo-Terlizzi.