Le Muséum de Besançon est l'un des trois musées situés à l'intérieur de la Citadelle, la forteresse militaire surplombant Besançon construite à la demande du Roi Soleil et aujourd'hui protégée au titre du patrimoine mondial. C'est un musée des sciences et d'histoire naturelle qui s'occupe de l'étude, de la diffusion, de la conservation et de la valorisation du patrimoine scientifique et naturel et de la conservation des espèces et de leur environnement.

Les collections d'histoire naturelle contiennent plus d'un million d'objets, dont un fonds naturalisé exceptionnel, faisant du musée un témoin précieux et une clé de compréhension de la biodiversité. Le musée abrite également un parc zoologique, réputé pour son implication dans des projets de conservation d'espèces locales, comme les écrevisses, ou internationales comme les lémuriens, menés en collaboration avec des professionnels et des scientifiques dans le domaine de la faune. Ses compétences zootechniques dans l'élevage et la reproduction d'espèces rares et menacées sont internationalement reconnues.