Das Muséum de Besançon ist eines der drei Museen in der Citadelle, der Militärfestung mit Blick auf Besançon, die auf Geheiß des Sonnenkönigs erbaut wurde und heute als Weltkulturerbe geschützt ist. Es ist ein Wissenschafts- und Naturkundemuseum, das sich mit dem Studium, der Verbreitung, dem Erhalt und der Verbesserung des wissenschaftlichen und natürlichen Erbes sowie der Erhaltung von Arten und ihrer Umwelt befasst.

Die naturkundlichen Sammlungen umfassen über eine Million Objekte, darunter ein außergewöhnlicher eingebürgerter Fundus, was das Museum zu einem wertvollen Zeugen und Schlüssel zum Verständnis der Biodiversität macht. Das Museum verfügt auch über einen zoologischen Park, der für seine Beteiligung an Projekten zur Erhaltung lokaler Arten wie Krebse oder internationaler Arten wie Lemuren bekannt ist, die in Zusammenarbeit mit Fachleuten und Wissenschaftlern auf dem Gebiet der Tierwelt durchgeführt werden. Seine zootechnischen Fähigkeiten in der Zucht und Vermehrung seltener und gefährdeter Arten sind international anerkannt.