La scène fait allusion à un passage de la Legenda maior de Bonaventura da Bagnoregio dans lequel on raconte comment François, qui revint à Monte della Verna en 1224 et ouvrit l'Évangile trois fois au hasard, toujours au récit de la Passion, médite sur son destin ultime de conformité totale au martyre du Christ qui conduira plus tard aux stigmates, qui manquent d'ailleurs encore ici.

L'intériorisation profonde de la révélation, accentuée par la présence du crucifix qui semble arrêter les pages de l'Évangile, révèle dans la peinture crémonaise des implications autobiographiques en relation avec les événements personnels du peintre. Le Caravage, en effet, à la suite de l'assassinat de Ranuccio Tomassoni (28 mai 1606) était soumis à un désir obsessionnel d'expiation.

Les hypothèses récentes concernant la commande du tableau à Monseigneur Benedetto Ala, de Crémone, gouverneur de Rome de 1604 à 1610, et à plusieurs reprises protecteur du Caravage, se confirment, au moyen duquel il espérait peut-être obtenir la révocation de la interdiction capitale.

Pour étayer cette thèse, le visage du saint dans lequel les traits du peintre peuvent être facilement reconnus. L'hypothèse selon laquelle, à travers ce tableau, il aurait voulu confier à son mécène une sorte d'aveu de son état d'esprit et de sa résignation pour un avenir qui laissait présager incertain et sans espoir, devient donc de plus en plus suggestive.