L'œuvre, considérée comme l'un des chefs-d'œuvre de la maturité précoce de l'artiste, porte l'inscription Canova Roma 1790 au dos, mais a en fait été réalisée entre 1794 et 1796, acquérant une grande renommée quelques années seulement après son exécution, lorsqu'il réalisa la son apparition fulgurante au Salon parisien de 1808. A cette occasion, la statue est accueillie avec beaucoup d'enthousiasme par le public, tout en déclenchant un débat critique sur les choix de l'artiste concernant les frontières entre peinture et sculpture et les possibles interférences entre les deux arts. En effet, dans la Madeleine pénitente, Canova travaille le marbre en façonnant la matière à ses extrêmes possibilités, passant de l'extrême douceur du corps patiné de Madeleine au traitement brut et grossier du socle sur lequel il est posé ; l'insert en bronze doré de la croix, de plus, ainsi que le réalisme des larmes véritablement sculptées et des cheveux flottants que l'artiste a traités avec de la cire mélangée à du soufre, pour restaurer leur couleur, apparaissent une méditation consciente sur les possibilités d'atteindre le même dans effets sculpturaux de la peinture. Ces caractères expérimentaux, alliés au charme sensuel indéniable de l'œuvre, ont déterminé son extraordinaire fortune à l'époque romantique, grâce aussi à son exaltation par Stendhal. La Madeleine, dont les événements clients sont à l'étude et dont il existe plusieurs esquisses préparatoires et une réplique conservée à l'Ermitage de Saint-Pétersbourg, semble avoir été vendue par l'artiste pour 1000 sequins au représentant à Rome de la République Cisalpine Juliot qui l'emporta à Paris, la première œuvre de Canova à atteindre la capitale française ; il fut ensuite vendu à Giovanni Battista Sommariva, qui l'exposa au Salon de 1808 et le transporta à Milan où il fut vendu au marquis Aguado, en 1839 se retrouvant à nouveau à Paris. A la mort de ce dernier, peu de temps après, il fut acheté pour 59 000 francs par Raffaele De Ferrari, duc de Galliera, et placé dans sa maison parisienne. Il passa ensuite à la ville de Gênes en 1889 en héritage de la veuve, Maria Brignole - Sale de Ferrari.