Dans les pièces qui abritent la Pinacothèque résidaient les Consuls et le Gonfalonier de Justice. La division actuelle des espaces avec les plafonds à pendentifs, les portes et les cheminées est le résultat de rénovations effectuées à l'époque de la Renaissance, lorsque Gubbio était sous la domination des seigneuries de Feltre et de Rovere.La collection de la Pinacothèque Civique trouve son origine dans les œuvres acquises par la Commune à la suite de la suppression des ordres religieux au XIXe siècle et se caractérise par des peintures sur bois et sur toile principalement de l'école ombrienne datant de la fin du XIIIe au XIXe siècle. La visite peut commencer par les salles I, II et III qui rassemblent principalement des peintures sur bois et des fresques détachées datant de la fin du XIIIe au début du XVIe siècle, en passant par la salle des Fontaines, salle IV, où est documentée l'activité des peintres locaux et étrangers actifs dans la ville aux XVIe et XVIIe siècles, pour finir dans la salle des Audiences, salle V, où sont rassemblées des peintures datant de la fin du XVIe au début du XXe siècle de différentes écoles picturales italiennes.