La collection de céramiques est exposée dans la salle de la Loggetta et le long du prétendu couloir secret, et se compose d'une sélection d'objets représentant l'histoire de la tradition de la céramique eugubine, de la majolique archaïque à la production du XXe siècle. Au fil des ans, elle a été enrichie par des acquisitions, des dépôts et des dons. Le parcours commence en documentant les principales phases de développement de la majolique locale entre les XIVe et XVe siècles. La production notée comme majolique archaïque, datant principalement du XIVe siècle, est significative. En vitrine, des objets d'usage domestique réalisés au tour et décorés de motifs stylisés géométriques, floraux et zoomorphes, colorés en utilisant le vert de cuivre et le brun de manganèse sur un émail clair étannifère. À cette époque remontent également les premiers documents d'archives sur la constitution, à Gubbio, de la corporation de l'Art des Potiers. Au XVe siècle, on trouve d'autres fragments de céramique plus élaborée, constitués de poignées en torsade, de pichets à bec de pélican, de fragments de verseurs à long bec, de parties de bols avec des décorations héraldiques, de fragments d'objets avec une décoration en relief en bleu turquoise foncé. On trouve également des bols conventuels avec des croix en manganèse et des fragments de style gothique tardif portant des décorations d'inspiration mauresque en blanc et bleu. Les typologies décoratives rencontrées dans la majolique eugubine sont stylistiquement similaires à celles de l'Italie centro-orientale et subissent l'influence des deux pôles de production de l'époque : Pesaro et Deruta.