El Museo de Zoología fue fundado en 1813 por Gioacchino Murat , rey de Nápoles . Su primer director, el naturalista Luigi Petagna, trabajó para obtener algunas salas del Collegio Massimo dei Gesuiti como sede del museo, a las que se incorporaron algunas de las colecciones de la Sección de Historia Natural del Real Museo Borbónico , establecido por Fernando IV en 1777.

La actual sede del Museo de Zoología , con su magnífico mobiliario de nogal y arce , se construyó gracias al compromiso de Giosuè Sangiovanni, quien logró obtener una importante financiación de Fernando II de Borbón que permitió la construcción de dos importantes salas de exposiciones, conocidas como Salone Maggiore y Salone Minore, inaugurados en 1845 con motivo del VII Congreso de Científicos Italianos.

Valiosos hallazgos del Museo de Anatomía General y Patológica convergieron aquí y todavía se pueden admirar hoy. A lo largo de los años, el Museo fue dirigido por distinguidos científicos como Achille Costa, Paolo Panceri, Salvatore Trinchese y Saverio Monticelli, quienes trabajaron para el desarrollo de la zoología y para la mejora de las colecciones del museo, tanto con los especímenes objeto de sus investigaciones, y con intercambios y compras. Los famosos científicos Oronzio Gabriele Costa y Stefano delle Chiaje también deben ser recordados por sus donaciones.

La superficie expositiva del Museo es de aproximadamente 1200 metros cuadrados divididos en una sala de acceso a la sala principal desde la que se pasa a la sala menor.