El corazón del conjunto es la Iglesia de San Francesco, con los espléndidos frescos de Benozzo Gozzoli, autor de las decoraciones de la capilla de San Girolamo y del ábside. Sus Historias de la vida de San Francisco (1452) se encuentran entre los ciclos renacentistas más importantes que se conservan. A lo largo del recorrido, preciosas colecciones de arte se organizan en torno a este palpitante centro: la galería de arte, la cripta con las antiguas bodegas de los frailes menores, la sección de hallazgos arqueológicos y fragmentos de piedra y, por último, los espacios dedicados a exposiciones de arte contemporáneo.

Su extraordinario ciclo de frescos es la gloria de Montefalco. Construida entre 1335 y 1338 por los Frailes Menores, la iglesia de planta rectangular se compone de una nave central que termina con un ábside pentagonal, bellamente pintado al fresco por Benozzo Gozzoli con Historias de la vida de San Francisco. Los veinte episodios de la vida del Santo se narran en doce escenas dispuestas en tres registros. Las bóvedas del ábside están decoradas con elementos vegetales, figuras de santos franciscanos y Gloria di San Francesco.

Jacopo Vincioli, Giovanni di Corraduccio, Ascensidonio Spacca trabajaron en la decoración de las capillas laterales, mientras que el fresco de la contrafachada con la Anunciación con el Eterno en gloria entre ángeles y la Natividad es obra de 1503 de Pietro Vannucci conocido como Perugino .

En las cuatro salas de la Pinacoteca se pueden apreciar las obras de arte que pertenecieron a las corporaciones religiosas del Municipio de Montefalco: lienzos, mesas, frescos arrancados de otras iglesias de la zona, así como telas y mobiliario.

Las antiguas bodegas de los Frailes Menores Conventuales fueron un feliz descubrimiento durante las últimas obras de restauración. Las bodegas datan de los siglos XVIII y XIX. Entre las obras de la sección arqueológica se exhibe la estatua de mármol de Hércules.