Das Anatomische Museum der Universität von Siena, wie wir es heute sehen, wurde nach der Verlegung des Instituts für normale menschliche Anatomie vom alten Sitz der biologischen Institute in der Via Laterina zum heutigen Sitz im Wissenschaftszentrum San Miniato. Dieser Standort wurde 2001 eingeweiht, nach einigen Umstrukturierungseingriffen, der Wiederherstellung der Präparate, der didaktischen Modelle, der anatomischen Tabellen und eines Teils der alten Einrichtung.

Das Anatomische Museum von Siena ist nach Professor Leonetto Comparini benannt, der von 1966 bis 1997 Direktor des Instituts für normale menschliche Anatomie war. Es bietet einen idealen Weg in ein Institut für menschliche Anatomie aus dem 19. Jahrhundert, als es professionelle Persönlichkeiten gab, die heute verschwunden sind, wie der „Sektor“ (Experte für die Kunst des Schneidens) und der „Vorbereiter“, Experte für die Konservierung von Organen, die er auf Wunsch des Anatomielehrers in didaktische Werkzeuge umwandelte.

Die Sammlungen verteilen sich auf drei Räume und einen Korridor.