Das pharmazeutische Geschirr bildet einen wichtigen Kern der Sammlung, auch weil es numerisch beträchtlich ist. Es wurde der Gemeinde durch eine Spende des Krankenhauses von Gubbio übergeben. Schon seit dem Mittelalter war Keramik zusammen mit Glas das bevorzugte Material zur Aufbewahrung von Kräutern, Gewürzen und den zahlreichen Bestandteilen von Arzneimitteln, aufgrund seiner Praktikabilität und der leichten Reinigung. Ab der Mitte des 15. Jahrhunderts wurde es üblich, den Namen des enthaltenen Produkts direkt auf die Gefäße zu schreiben oder das Etikett leer zu lassen, um ein Papieretikett anzubringen. Der älteste Teil der Sammlung besteht hauptsächlich aus Ausgießern für flüssige Medikamente (bauchige Gefäße mit zylindrischem Hals und einem Röhrchen als Ausguss) und aus einer Serie von Apothekengefäßen (zylindrische Form mit einer Verengung in der Mitte und kurzem Hals für dichte, ölige Zubereitungen und Gewürze). Zur Vervollständigung der Sammlung gehören eine Reihe von Tiegel und Destillierkolben aus Terrakotta, die zur Destillation verwendet wurden.