Am 8. März 1860 wurde der Einzellehrstuhl für Naturwissenschaften der Universität Bologneser in drei Lehrstühle für Mineralogie, Geologie und Zoologie geteilt und am 5. Dezember wurde der Sienese Prof. Luigi Bombicci Porta im Alter von 27 Jahren zum ordentlichen Professor für Mineralogie, Geologie und Zoologie ernannt Mineralogie. Am 30. Januar 1862 wurde das Naturhistorische Kabinett des Instituts der Wissenschaften wiederum in die Sektionen Mineralogie, Geologie und Zoologie aufgeteilt und Bombicci übernahm die Leitung des Museums für Mineralogie im Palazzo Poggi .

Da das Museum anfangs über ungeeignete Räume verfügen konnte, konzentrierte sich Bombiccis unermüdliche Arbeit einerseits auf die Erweiterung der Sammlungen von etwa neuntausend Exemplaren von Mineralien und Gesteinen im Jahr 1862 auf etwa achtundvierzigtausend Exemplare im Jahr 1901, andererseits auf der suche nach immer größeren räumen. Im hellen Obergeschoss des imposanten Neubaus, den Bombicci für das Institut und Museum für Mineralogie gewollt und 1907, vier Jahre nach seinem Tod, fertig gestellt hatte, befindet sich der heutige Sitz des Luigi Bombicci Museums für Mineralogiesammlung.

Heute nimmt das Museum eine Fläche von 850 m² mit über 10 000 Mineralproben ein, die in verschiedene thematische Sammlungen unterteilt sind, darunter die Abteilung, die den geomineralogischen Aspekten des Bologneser Territoriums gewidmet ist, 600 antike Marmore, Bernsteine und 150 Fragmente von Meteoriten, darunter der Renazzo kohliger Chondrit.

Das Museum beherbergt auch zahlreiche antike wissenschaftliche Instrumente.