Das Diözesanmuseum und die Krypta von San Rufino befinden sich im historischen Zentrum von Assisi. Das Museum wurde 1941 im Untergeschoss der Kathedrale und des Palazzo dei Canonici eingeweiht. Das Ziel des Museums ist es, die wichtigsten Werke aus der Kathedrale und einigen benachbarten Oratorien zu bewahren und zu verbessern. Die Museumssammlung besteht aus etwa 300 Werken, die in neun Abschnitten ausgestellt sind. Von großem Interesse ist sicherlich der Korridor, in dem in der Gegend gefundene archäologische Funde ausgestellt sind. Die archäologische Sammlung besteht hauptsächlich aus gemeißelten Kapitellen und dem Sarkophag aus dem 2. Jahrhundert n. Chr. mit dem Trankopferritus. Die anderen Räume bieten Gemälde aus dem vierzehnten und fünfzehnten Jahrhundert und Banner aus dem siebzehnten Jahrhundert mit Darstellungen von San Francesco und Santa Caterina. Zu den berühmtesten Werken gehört das „Martyrium der heiligen Katharina von Alexandria“ von Orazio Riminaldi, einem bekannten Maler der Bruderschaft. Die Sammlung wurde durch eine wichtige Schenkung des Kunsthistorikers Frederick Mason Perkins bereichert, der einige Zeit in Assisi lebte. Die Krypta von San Rufino ist ein Juwel der romanischen Architektur, die noch ihre ursprünglichen Dekorationen bewahrt. Insbesondere finden wir die vier Symbole der Evangelisten: den Engel von San Matteo, den Löwen von San Marco, den Adler von San Giovanni und den Stier von San Luca.