La collection du musée, située dans les salles du Palais Cappellani à Palazzolo Acreide, provient des découvertes du baron Gabriele Judica qui effectua des fouilles sur le site d'Akrai au début du XIXe siècle. L'importante collection de matériaux comprend principalement les trouvailles d'Akrai mais une partie est constituée de la collection Ferla et des trouvailles trouvées sur le territoire de Leontinoi.

Le musée est réparti sur deux étages, dans celui du bas se trouvent des découvertes préhistoriques et protohistoriques. À l'étage supérieur se trouvent des découvertes de la colonisation corinthienne (salle 1), archaïque (salles 2-3), classique et post-classique (salles 4-5), hellénistique (salle 6), romaine (salle 7) et romaine tardive ( salle 8) périodes.