Le complexe du musée est situé dans l'église et le couvent de San Francesco. D'un cloître monumental, vous entrez dans l'église, où sont conservées des traces de fresques datant du XIVe au XVIe siècle. La Pinacothèque abrite, parmi les œuvres les plus prestigieuses, le groupe en bois du XIIIe siècle représentant la Déposition et la bannière de Bartolomeo Caporali représentant la Madonna della Misericordia. La visite est enrichie par le musée ethnographique "Talking Drum" qui expose la collection organisée par Enrico Castelli, un anthropologue africaniste de l'Université de Pérouse qui étudie les cultures africaines depuis une trentaine d'années.

L'église représente le noyau central du musée, conservant à l'intérieur de nombreuses fresques principalement de nature votive. Les passages subsistants des fresques les plus anciennes, datables de la seconde moitié du XIVe siècle, suggèrent qu'une importante intervention décorative a été entreprise immédiatement après la construction de l'église. Les résultats les plus élevés de la décoration de l'église appartiennent cependant au siècle suivant, lorsque l'édifice devint l'église familiale des Fortebracci qui contribuèrent généreusement à son embellissement, en la dotant d'autels, de meubles et de peintures. Dans l'église se trouvent également de précieuses œuvres en bois, comme le comptoir des magistrats avec des motifs incrustés inspirés des "grotesques", le chœur en bois et la chaire.

La collection de la Pinacothèque comprend un groupe de peintures datées entre les XVIe et XVIIIe siècles, provenant des églises de Montone, témoins des relations du village avec Pérouse et Città di Castello. La Déposition en bois est l'une des œuvres les plus précieuses. Les quatre éléments qui le composent faisaient peut-être partie d'un groupe de cinq personnages, avec le Christ, la Vierge, saint Jean l'Évangéliste, saint Joseph d'Arimathie et Nicodème. Parmi les peintures du XVIIe siècle, la plus remarquable est celle représentant Saint Antoine de Padoue avec l'Enfant.

Enfin, la nouvelle section archéologique recueille des preuves de la découverte d'une villa romaine près de Santa Maria di Sette du IIe siècle après JC.