Le Cenacolo di Sant'Apollonia est situé dans le centre historique de Florence et est considéré comme un trésor de l'art médiéval florentin du XIVe siècle.

Le musée occupe une partie de l'ancien monastère bénédictin de Sant'Apollonia, fondé en 1339 et agrandi au XVe siècle.

Vers 1447, Andrea del Castagno peint à fresque le mur du fond du réfectoire avec la Cène, la Crucifixion, la Déposition et la Résurrection. Le musée expose également d'autres fresques détachées d' Andrea del Castagno avec les synopsis associés et des peintures de Paolo Schiavo et Neri di Bicci, provenant du monastère.

Sur le mur sud de la salle, il y a un crucifix attribué à Baccio da Montelupo et avec d'autres œuvres du XVe siècle de l'ancien monastère. En 1953 le décollement de la partie supérieure des fresques permit la vision de la sinopie, ou dessins préparatoires, que l'on peut aujourd'hui admirer de l'autre côté de la salle.