Le parcours commence au premier étage où se trouvent la Salle des Sciences de la Terre et la Salle des Âges Géologiques dans lesquelles sont présentés le travail du paléontologue et les processus de fossilisation, traitant de questions complexes telles que la genèse du système solaire et la vie et documenté les principales étapes de l'évolution de la vie sur la planète Terre de l'ère paléozoïque au quaternaire. Également à cet étage, pour les plus jeunes passionnés de dinosaures, un diorama grandeur nature immortalise un moment de lutte entre deux dinosaures, un Velociraptor et un Protoceratops. De nombreux spécimens de mollusques pliocènes provenant de divers sites fossilifères de Toscane sont exposés, dont le à proximité de l'ex-carrière de Spicchio dans la Commune de Vinci. Enfin, dans la Sala dell'Evoluzione du bas Valdarno et l'évolution de l'homme, les fossiles nous guident pour découvrir les transformations que notre territoire a subies au fil du temps et encore ici, grâce aux découvertes et aux nombreuses expositions, nous découvrons les principales étapes de l'évolution de l'homme. Au musée, il existe un parcours tactile-sensoriel qui permet à l'utilisateur d'être un sujet actif qui cherche, découvre, analyse, élabore, interprète et comprend directement.