Le Saint François d'Assise en extase d'Ortensio Crespi est un exemple important de la peinture lombarde du XVIIe siècle. La toile, initialement attribuée à Cerano (Giovanni Battista Crespi) a ensuite été attribuée à son frère cadet, Ortensio Crespi, pour le style plus indépendant et original, généralement caractérisé par la préciosité matérielle et une sensibilité naturaliste marquée, d'origine nordique.

D'une facture lâche et expérimentée et aux couleurs fluides, froides et nacrées, le saint d'Assise est représenté en prière les mains jointes et les doigts entrelacés, agenouillé près d'un livre (l'Évangile, mais aussi une image de la Règle de l'ordre des Frères Mineurs) , appuyé contre un crâne. La figure du Saint en prière extatique est immergée dans un paysage aux caractères nordiques qui entend évoquer les forêts du Casentino, en particulier le Monte della Verna où saint François aimait se retirer dans la prière. 

Saint François est vêtu d'un habit grossier de style capucin (une seule pièce avec la capuche et les pièces apparentes). La donnée particulière de l'ongle sortant du dos de la main droite du Saint reprend de façon réaliste la description de l'empreinte des stigmates donnée par ses biographes.

Le crâne, anachronique pour saint François mais répondant à la spiritualité du XVIIe siècle, est l'un des attributs iconographiques les plus répandus des saints pénitents. Il indique la fugacité des choses terrestres et l'importance de lutter pour les valeurs éternelles.