Appartenir à une famille noble Génois, Giovanni Battista Paggi fut contraint à l'exil en 1581 car coupable de meurtre, mais en légitime défense. Après un séjour à Aulla et Pise, il arrive à Florence à la cour de Francesco I de Medici. A la fin de 1590, le peintre eut la chance de retourner à Gênes, mais uniquement dans les résidences du prince Giovanni Andrea I Doria, son protecteur, car elles étaient exclues de la juridiction de la République.

La Flagellation, signée et datée de 1591, provient de la villa construite par Andrea Doria à l'extérieur de la ville ancien, où il a probablement décoré l'une des chapelles construites par Giovanni Andrea et son épouse Zenobia Del Carretto. L'œuvre révèle l'assimilation par l'artiste génois de certaines caractéristiques et méthodes de la peinture florentine à la fin du XVIe siècle.