Le Baptême du Christ peut être lu en parallèle avec l'autre tableau de la collection, l'Adoration des bergers, tous deux réalisés comme esquisses pour une œuvre monumentale composée de plusieurs toiles et destinée à une église madrilène. El Greco a profité du format vertical pour donner une impulsion ascendante aux compositions : si pour les représentations du Baptême il est assez courant de mettre la scène à la verticale, pour mettre en valeur la descente de l'Esprit Saint sur Jésus, cette modalité est, cependant décidément insolite pour l'Adoration des bergers. Dans les deux tableaux, El Greco a organisé l'espace en le divisant en deux : au-dessous du monde matériel, au-dessus de la réalité d'un autre monde, unis par une lumière presque argentée, la lumière divine, émanant de Dieu dans le Baptême, des armées angéliques et de l'Enfant dans l'Adoration. Les deux toiles montrent, dans la liberté de composition des scènes, dans le choix des couleurs et dans l'habile direction de l'éclairage, combien pour El Greco, même après son transfert en Espagne, l'expérience de la peinture vénitienne, en particulier du Tintoret, était centrale et fructueuse