L'autographie de ce tableau a longtemps été mise en doute, bien qu'il existe d'autres versions du même sujet réalisées par le Caravage d'une manière assez similaire. Nous voyons un jeune saint Jean-Baptiste sans barbe, à moitié nu et recouvert d'un manteau rouge, avec le bâton en forme de croix posé à ses côtés, mais sans la traditionnelle fourrure de chameau qui apparaît dans d'autres versions. Le Caravage représente un moment de repos pendant la vie de pénitence de Jean dans le désert, mais par rapport à l'iconographie traditionnelle, les attributs du saint sont presque marginalisés : le bol, avec lequel Jean a versé l'eau lors du baptême de Jésus, est comme privé de son rôle sacré , tandis que la croix est à peine visible, cachée par le bord du tableau. Le Caravage a ainsi actualisé la représentation du jeune baptiste dans le désert, donnant plus d'immédiateté à un thème qui s'est souvent prêté à des interprétations où se mêlent sacré et profane.