La villa está situada en el centro de la ciudad de Varese , dentro de los Jardines de Estensi , en una colina desde la que se puede admirar el espléndido panorama del lago de Varese , los Prealpes y los Alpes, de ahí el nombre de Mirabello . Construido durante el siglo XVIII, en 1949 pasó a ser propiedad de la administración municipal y se utilizó como museo. La colección de la sección arqueológica surge de la colección del Museo Patrio y se ha enriquecido gracias a los numerosos hallazgos de las campañas de excavación e investigación realizadas en los sitios de la UNESCO de Varese de Isolino Virginia y Bodio Lomnago.

El recorrido sigue un criterio cronológico y comienza con la exposición de hallazgos prehistóricos derivados de los palafitos locales, que son los más antiguos de los Alpes. Seguimos hacia la Edad del Bronce y del Hierro , gracias a los hallazgos de la época prerromana vinculados a la cultura celta de Golasecca. La herencia de la época romana traza la progresiva asimilación cultural de las poblaciones locales a las costumbres y organización administrativa del mundo romano.

Además, el Museo alberga una sección renacentista, que evoca los ideales patrióticos y la furia garibaldina de la ciudad de Varese a través del grandioso cuadro de Eleuterio Pagliano titulado El desembarco de los cazadores de los Alpes en Sesto Calende el 23 de mayo de 1859.

Debido a la riqueza e importancia de los materiales, el Museo, desde su fundación, ha sido un punto de referencia esencial para los estudiosos de la prehistoria italianos y extranjeros, pero también para el público en general y para el escolar. Finalmente, dentro de la villa, es posible admirar la colección de mariposas nocturnas Tamagno y Simondetti, recuperadas gracias a un reciente mantenimiento de conservación.