Los Jardines Botánicos y Herbarios representan, a pesar de sus evidentes diferencias, un museo del mundo vegetal . Ambos nacidos en el siglo XVI, inicialmente tuvieron una función eminentemente didáctica , ligada en particular a la enseñanza de la botánica médica, permitiendo a los alumnos observar y estudiar las plantas medicinales.

Hoy en día se han sumado muchos otros a este uso, con una evolución muy ligada al desarrollo , o declive, de las ciencias botánicas. En el caso de Bolonia , esta evolución ha continuado siempre al mismo ritmo, tanto que las principales colecciones del Herbario se deben precisamente a quienes fueron los principales directores del Jardín Botánico.

Fundado por Ulisse Aldovrandi , el Jardín Botánico de Bolonia es uno de los más antiguos de Europa , después de los de Padua, Florencia y Pisa . Fundamental para la creación del jardín tal como lo conocemos hoy en día fue la contribución y el trabajo del botánico Luca Ghini (1490-1556), quien más tarde se convirtió en sucesor de Aldovrandi .

El Jardín Botánico de Bolonia con su hibernáculo, conserva plantas exóticas durante el invierno. Se agregaron algunos invernaderos neoclásicos en 1765 y solo en 1803 se trasladó el jardín a su posición actual.