La sección prehistórica y protohistórica del museo ilustra la evolución del asentamiento humano desde los primeros poblados esparcidos por el territorio hasta la fundación del primer núcleo habitado en la Edad del Hierro. Entre las piezas más valiosas se encuentra la Falera de plata, repujada, de mediados del siglo I a.C., utilizada en los arreos de los caballos para cubrir los cruces de los arneses. Está adornado en la banda con cabezas humanas estilizadas.