El corazón de la colección, y la primera de las intervenciones realizadas en el palacio por Giorgio Franchetti, fue la llamada Cappella del Mantegna, con la imagen de San Sebastián en el centro en torno a la cual el barón concibió un llamativo espacio arquitectónico, enteramente cubierto de mármol. Inspirada en modelos venecianos (especialmente la iglesia de Santa Maria dei Miracoli), la habitación reproduce la atmósfera de una capilla renacentista, idealmente ubicada dentro de una residencia patricia. Sobre un altar real está el lienzo, uno de los inventos más dramáticos de Mantegna. La obra, adquirida en 1893, constituye todavía hoy el icono del museo, manteniendo inalterada la disposición deseada por el propietario dentro de un itinerario museístico que ha sufrido inevitables cambios y revisiones a lo largo de los años. Fruto tardío de un estudio sobre el tema del martirio que Andrea Mantegna ya había realizado en los lienzos hoy en el Kunsthistorisches Museum de Viena y en el Louvre, el cuadro Ca 'd'Oro trata de la representación del héroe cristiano en nuevos y términos un tanto desconcertantes. , de trágico aislamiento individual. El santo, atravesado por dieciséis flechas que lo envuelven en una especie de jaula tridimensional espinosa, se encuentra tristemente en el centro de un nicho estrecho, enmarcado por un marco de mármol falso. Abajo, a la derecha, un pergamino que envuelve la imagen emblemática de la vela apagada que aún deja respirar una fina voluta de humo, lleva la inscripción Nihil nisi divinum stable est coetera fumus (nada, excepto lo divino, es estable, todo lo demás es humo), subrayando la fragilidad de la naturaleza humana.

Poco se sabe de la ubicación original del Retrato Doble, el primer ejemplo de este tipo de retrato en la escultura italiana del siglo XV, cuyo origen sin duda hay que buscarlo en el arte clásico. De hecho, incluso Mantegna en el fresco con San Cristóbal de la iglesia de los Eremitani de Padua reproduce retratos dobles tomados de estelas funerarias romanas. Pero aquí el autor consigue crear algo completamente nuevo: una obra impregnada de espíritu antiguo pero absolutamente moderna, sin precedentes reales en la propia antigüedad, un equilibrio perfecto entre la definición realista y la idealización del individuo. Los personajes representados, tal vez retratos reales, tal vez figuras alegóricas, son filmados cuando hablan o cantan, con los labios entreabiertos y los ojos vueltos en distintas direcciones. El cabello, el modelado de los rostros, el vestido decorado de la figura femenina, la flor entre los senos, cada detalle está exquisitamente reposado, con extremo refinamiento y delicadeza. Debajo de la figura masculina se ve claramente la firma del autor en el capitel romano, como para sugerir que el destino original era una posición elevada, para permitir una fácil lectura.

En la luneta de mármol de Carrara, la Virgen y el Niño están atrapados en una actitud muy dulce y afectuosa, bajo un arco decorado con dos ángeles alados. Originalmente, la obra estaba ubicada en la Iglesia de Zitelle en Giudecca, donde formaba parte de la decoración del altar mayor. En las figuras centrales del relieve, la personalidad culta y actualizada del escultor florentino se expresa en una escena de conmovedora intimidad que ve a la Madre representada en el acto de sostener al niño, apoyando su espalda con su mano derecha, para devolverle el beso. que el Niño le da, ofrece con gran naturalidad. En el impulso muy humano e íntimo que une a los dos protagonistas, la mano izquierda de la virgen aparta de sí el libro cerrado, como para alejar del hijo el destino ya establecido. La pose clásica de los dos ángeles de arriba, apoyados lánguidamente en la cornisa, subraya la vitalidad de la escena de abajo. el refinado manejo del drapeado, la monumental disposición y el calibrado equilibrio de la composición, así como la suave interpretación de las anatomías, delatan un conocimiento directo del arte de Miguel Ángel, abordado por el artista en sus estancias romanas previas a su traslado a Venecia en 1527.

La Crucifixión de Jan Van Eyck, uno de los cuadros más importantes de la colección que anteriormente perteneció al barón Giorgio Franchetti. El pequeño panel realizado en el taller de Van Eyck, bajo la supervisión del Maestro, probablemente fue tomado de uno de los dibujos originales del gran artista. La autografía completa de la obra sigue siendo objeto de discusión y estudios en la actualidad. Las reducidas dimensiones realzan extraordinariamente el talento miniaturista del pintor flamenco y sus estrechos colaboradores. El Crucifijo es perfectamente central en la escena. Abajo, la Madre y San Juan Evangelista se presentan con profundo dolor, pero serenos, y no desesperados como el grupo de mujeres detrás de la Virgen. Al fondo, la ciudad idealizada de Jerusalén está representada hasta el más mínimo detalle. A la derecha, un grupo de caballeros que, indiferentes, abandonan el lugar de ejecución para regresar a las murallas de la ciudad. La 'Jerusalén ideal' de Van Eyck tiene un parecido sorprendente con Sana'a, la capital de Yemen. Increíblemente, Sana’a también está rodeada por murallas con las mismas típicas casas-torre, y está dividida en tres distritos (árabe, turco y judío). No se puede excluir que el maestro flamenco se haya inspirado en los diseños de la ciudad yemení que venían a lo largo de las rutas comerciales hacia y desde el Este.