Das Museum der Moderne Salzburg wurde mit der sogenannten Schenkung Welz gegründet, einer Sammlung moderner Grafikkunst. Es wurde 1983 im frühbarocken Palast des ehemaligen katholischen Priesterseminars, dem "Collegium Rupertinum", in der Altstadt von Salzburg eröffnet und hieß zunächst "Moderne Galerie und Grafiksammlung - Rupertinum". Sein Gründungsdirektor, Otto Breicha (1983–1998), erweiterte die Sammlung durch den Kauf von Beispielen österreichischer Fotografie. Dieser Teil der Sammlung des Museums, die "Österreichische Fotogalerie" genannt wird, umfasst auch Bestände der Bundesregierung. Unter der Leitung von Peter Weiermair (1998–2001) wurde das Programm des Rupertinums internationaler ausgerichtet.