Das Museum der Moderne Salzburg entstand mit der sogenannten „Schenkung Welz“, einer Sammlung moderner Grafik. Sie wurde 1983 im frühbarocken Palais des ehemaligen katholischen Priesterseminars „Collegium Rupertinum“ in der Salzburger Altstadt eröffnet und hieß zunächst „Moderne Galerie und Graphische Sammlung – Rupertinum“. Gründungsdirektor Otto Breicha (1983–1998) erweiterte die Sammlung durch Ankäufe österreichischer Fotografie. Dieser als „Österreichische Fotogalerie“ bezeichnete Sammlungsteil des Museums umfasst auch Bestände des Bundes. Unter der Leitung von Peter Weiermair (1998–2001) wurde das Programm des Rupertinums internationaler ausgerichtet.