Das Cenacolo di Sant'Apollonia befindet sich im historischen Zentrum von Florenz und gilt als eine Fundgrube für die florentinische mittelalterliche Kunst des 14. Jahrhunderts.

Das Museum befindet sich in einem Teil des alten Benediktinerklosters Sant'Apollonia, das 1339 gegründet und im 15. Jahrhundert erweitert wurde.

Um 1447 bemalte Andrea del Castagno die Rückwand des Refektoriums mit Fresken mit dem Letzten Abendmahl, der Kreuzigung, der Kreuzabnahme und der Auferstehung. Das Museum zeigt auch andere freistehende Fresken von Andrea del Castagno mit den dazugehörigen Synopien und Gemälden von Paolo Schiavo und Neri di Bicci, die aus dem Kloster stammen.

An der Südwand des Raums befindet sich ein Kruzifix , das Baccio da Montelupo zugeschrieben wird, zusammen mit anderen Werken aus dem 15. Jahrhundert aus dem ehemaligen Kloster. 1953 ermöglichte die Ablösung des oberen Teils der Fresken die Sicht auf die Sinopia oder die vorbereitenden Zeichnungen, die heute auf der gegenüberliegenden Seite des Raums bewundert werden können.