Museo di statura internazionale, la Pinacoteca di Brera venne ufficialmente istituita nel 1809, sebbene una prima eterogenea raccolta di opere fosse già presente a partire dal 1776 - e ampliata negli anni successivi - con finalità didattiche, a fianco dell'Accademia di belle Arti voluta da Maria Teresa d'Austria. Il corpus doveva infatti costituire una collezione di opere esemplari, destinate alla formazione degli studenti.
Quando Milano divenne capitale del regno italico la raccolta, per volontà di Napoleone, si trasformo in un museo che intendeva esporre i dipinti più significativi provenienti da tutti i territori conquistati dalle armate francesi. Brera quindi, a differenza di altri grandi musei italiani, come gli Uffizi ad esempio, non nasce dal collezionismo privato dei principi e dell'aristocrazia, ma da quello politico e di stato.
A partire dall'Ottocento, anche in seguito alla soppressione di molti ordini religiosi, vi confluirono dipinti requisiti da chiese e conventi lombardi, cui si aggiunsero opere di identica provenienza sottratte ai vari dipartimenti del Regno Italico. Questa nascita spiega la prevalenza, nelle raccolte, dei dipinti sacri, spesso di grande formato, e conferisce al museo una fisionomia particolare, solo in parte attenuata da successive acquisizioni.
La Pinacoteca raccoglie alcuni tra i massimi capolavori di artisti italiani e stranieri dal XIV al XIX quali Piero della Francesca con la Pala Montefeltro, Andrea Mantegna, (Cristo Morto), Raffaello, (lo Sposalizio della Vergine) Bramante, (Cristo alla Colonna) Caravaggio (la Cena in Emmaus) oltre a Tintoretto, Giovanni Bellini, Rubens, Van Dyck e Francesco Hayez. Nel 1976 e poi ancora nel 1984 entrano a far parte della collezione dipinti e sculture del Novecento, grazie alla donazione di Emilio e Maria Jesi, la cui raccolta comprende tra gli altri capolavori di Picasso, Boccioni, Modigliani, Arturo Martini, Marino Marini, Morandi, Carrà, de Pisis. Il corpus di opere novecentesche si amplierà con la donazione Vitali e con acquisti successivi (Arturo Martini, Giacometti).
Nel cortile d'onore che fa da ingresso al Palazzo di Brera spicca il bronzo del Napoleone come Marte Pacificatore di Antonio Canova, commissionato dal viceré Eugenio de Beauharnais a partire dall'originale in marmo.