Il museo ospita collezioni ricche di più di 250 anni di storia scientifica: zoologia, antropologia, geologia, botanica e mineralogia. Tra i pezzi notevoli, vi sono scheletri fossili (inclusi resti di dinosauri), esemplari tassidermizzati, minerali rari, semi autoctoni, registrazioni sonore di specie e reperti antropologici .

Il complesso comprende edifici storici come l’anfiteatro e il laboratorio chimico ottocentesco, il Real Picadeiro del Colégio dos Nobres (1761), la sala di lettura storica, il giardino botanico (1878) e l'osservatorio astronomico (1898). 

Il MUHNAC propone mostre permanenti e temporanee, laboratori didattici, conferenze, workshop e attività culturali aperte a tutte le età. È perfetto per chi desidera esplorare la scienza in modo interattivo, da appassionati a famiglie.