Il Museum der Moderne Salzburg è stato creato con la cosiddetta Schenkung Welz ("Donazione Welz"), una collezione di arte grafica moderna. È stato inaugurato nel 1983 nel palazzo di stile barocco del vecchio seminario cattolico il "Collegium Rupertinum" nella città vecchia di Salisburgo e inizialmente era chiamato "Galleria Moderna e Collezione di Arte Grafica - Rupertinum". Il suo direttore fondatore, Otto Breicha (1983-1998), ha ampliato la sua collezione acquistando esempi di fotografia austriaca. Questa parte della collezione del Museo, chiamata "Galleria fotografica austriaca", include anche beni del governo federale. Sotto la direzione di Peter Weiermair (1998-2001), il programma del Rupertinum è diventato più orientato a livello internazionale.