Scoperti durante gli scavi post-bellici del 1947 dall’archeologo Fernand Benoit, questi resti furono classificati monumenti storici già dal 1959. Il museo apre nel 1963 e viene rinnovato nel 1987, consolidando il legame tra archeologia urbana e storia portuale di Marsiglia.

Le vetrine lungo le pareti raccolgono reperti recuperati da immersioni archeologiche su venti relitti marini: anfore, ancora, bilance, monete, utensili e oggetti quotidiani che illustrano l’intensità del traffico mediterraneo antico.