La villa romana più grandiosa presente sull’isola è Villa Jovis, posta alla sommità del promontorio orientale, ultima residenza dell’imperatore Tiberio. Gli scavi eseguiti nel 1935 hanno portato alla luce un vasto edificio, che gravita intorno ad un grande quadrilatero centrale in cui sono collocate cisterne. Si accede al palazzo attraverso rampe che salgono al cosiddetto viale dei mirti e terminano in un vestibolo, che precede un atrio tetrastilo con quattro basi di marmo bianco, su cui si ergevano quattro colonne di marmo cipollino. Gli ambienti adiacenti servivano per il corpo di guardia. Un ampio corridoio con il pavimento a mosaico bianco conduce ad un secondo vestibolo, dal quale cui si passa, ad Est, al piano superiore occupato dal bagno e dagli alloggi. L’impianto destinato a bagno, che di estende lungo tutto il lato del palazzo, è composto da una serie di cinque ambienti paralleli al corridoio; nel calidarium (per bagni con acqua calda) vi sono due absidi, una con la vasca, un’altra con il bacino di bronzo per le abluzioni. Il lato Ovest aveva una costruzione a più piani per la servitù, con stanze uguali disposte lungo un corridoio. Il quartiere della residenza imperiale, invece, al quale si accede attraverso una rampa, è composto da una grande aula a emiciclo e da stanze minori; mentre l’alloggio privato per l’imperatore, situato sull’estremo picco del monte ed affacciato a Nord verso l’interno dell’isola e ad Ovest sul mare, appartato da tutto il resto del palazzo, era formato da tre sale: un vestibolo di ingresso, con una terrazza a tettoia antistante, e due stanze con spaziose finestre e pavimenti di tarsie marmoree policrome.