II primo nucleo della Collezione di Antropologia risale al 1908, quando fu istituita la cattedra di Antropologia della Regia Università di Bologna, affidata a Fabio Frassetto. Dapprima allestita in due sale di Palazzo Poggi in via Zamboni 33, dove aveva anche sede l’Istituto di Antropologia, fu trasferita nel 1933, assieme all’Istituto, in via F. Selmi 1 in spazi più ampi dove trovarono migliore sistemazione reperti e collezioni acquisite nel corso degli anni.

Tra il 1933 e il 1936 troveranno sistemazione nell’attuale sede di Via F. Selmi 3 anche gli Istituti e le Collezioni di Zoologia e Anatomia Comparata. Dal 1947, quando cessò la direzione di Fabio Frassetto, subentrò Elsa Graffi Benassi e dal 1971 al 2005 Fiorenzo Facchini. Nuove aree espositive e un nuovo allestimento furono realizzati nel 1991, in occasione dell’apertura al pubblico.

La Collezione di Antropologia espone crani e scheletri di antiche popolazioni italiane, dal Neolitico al sec. XVIII, calchi di reperti scheletrici di primati ed ominidi grazie ai quali sono state studiate le tappe fondamentali del processo evolutivo dell'Uomo.

Si possono ammirare anche reperti sia in Italia, sia in altri paesi europei, che illustrano lo sviluppo delle culture preistoriche dal paleolitico inferiore al neolitico. Di recente acquisizione è una "yurta" completa di arredi, l' abitazione delle popolazioni nomadi del Kazakistan.