Il Musée Comtois è uno dei tre musei situati all'interno della Citadelle, la fortezza militare che domina Besançon realizzata per volere del Re Sole e oggi protetta come Patrimonio Mondiale dell'Umanità. Il Musée Comtois è un museo etnografico, che invita a comprendere e conoscere la società del territorio della Franca-Contea, ponendo interrogativi sulle continue mutazioni sociali ed economiche in corso nel mondo contemporaneo. Le mostre temporanee del museo permettono di capire come gli uomini si sono adattati al territorio nel corso dei secoli. Il percorso museale si articola in 17 sale suddivise in 3 piani. Sono presenti numerosi oggetti risalenti soprattutto alla fine del XIX secolo. L'ultimo piano presente un'eccezionale collezione di marionette, mostrandone il loro loro forte utilizzo nella radicata tradizione satirica del territorio. La collezione mostra la ricchezza creativa e la libertà d'espressione, valori cari agli spiriti della Franca Contea. Sono inoltre presenti numerose fotografie.