Das Museum und der Botanische Garten von Pisa befinden sich im historischen Zentrum der Stadt und sind Teil des Universitätsmuseumssystems von Pisa. Der botanische Garten wurde 1543 auf Initiative von Luca Ghini, einem Arzt und bedeutenden Botaniker aus Imola, geboren. Dank der Unterstützung des Großherzogs der Toskana, Cosimo I. de' Medici, konnte der älteste botanische Universitätsgarten der Welt gegründet werden. Ursprünglich am Ufer des Arno erbaut, wurde es 1591 an seinen heutigen Standort verlegt und dann schrittweise auf seine heutige Ausdehnung von etwa zwei Hektar erweitert. Es beherbergt Pflanzen aus den fünf Kontinenten: die Sukkulenten der afrikanischen und amerikanischen Wüsten; die aromatischen Pflanzen der mediterranen Macchia; die Arten der toskanischen Sümpfe; zahlreiche weltliche Bäume und viele andere. Als Erbe der alten Galerie, die 1591 vom Großherzog der Toskana, Ferdinando I. de 'Medici, gegründet wurde, bewahrt sie noch immer die Bildergalerie, die aus Porträts berühmter Botaniker aus dem 17. Jahrhundert besteht, die monumentale Tür am Eingang der Galerie und die " Studiolo" für die Samen des 'Botanischen Gartens. Es beherbergt auch Gegenstände, die seit dem Ende des 18. Jahrhunderts mit der Lehre der Universitätsbotanik in Verbindung stehen. Einige sind wahre Kunstwerke, wie die botanischen Modelle in Wachs und Gips und die aquarellierten Lehrtafeln (19. Jahrhundert). Weitere Sammlungen sind die In-vitro-Pflanzenproben, die Xylothek, die didaktischen Modelle, die Werkzeuge der Botanik und die paläobotanischen Sammlungen. Schließlich ist es im Botanischen Museum dank zweier Multimediastationen möglich, einen virtuellen Rundgang durch die historischen Pflanzensammlungen des Herbariums (Herbarium Horti Botanici Pisani) zu machen, die im Palazzo im Zentrum des Botanischen Gartens aufbewahrt werden und zugänglich sind nur für Stipendiaten, auf Buchung.