Die griechische Abtei San Nilo, deren offizieller Name Kloster Esarchico Santa Maria di Grottaferrata ist, ist heute die einzige Abtei griechisch-byzantinischen Ritus in Italien. Bevor dieser Ort zu einer christlichen Siedlung wurde, gab es hier eine römische Villa aus der Kaiserzeit. Die imposanten Überreste dieser Villa befinden sich unterhalb des heutigen Kirchplatzes. Die römische Villa hatte ihrerseits eine vorbestehende Grabzelle aus der republikanischen Zeit, die durch Geländer verschlossen war, die „Crypta Ferrata“, die den Namen Grottaferrata hervorbrachte. Derzeit ist die griechische Abtei San Nilo das letzte der zahlreichen byzantinischen Klöster, die im Mittelalter in ganz Süditalien und in Rom selbst weit verbreitet waren. Sie wurde 1004 von einer Gruppe griechischer Mönche aus Süditalien gegründet, angeführt von S. Nilo di Rossano, einem charismatischen Führer und führenden spirituellen Persönlichkeit seiner Zeit. Ende des 15. Jahrhunderts wurde die Abteianlage auf Geheiß von Kardinal Giuliano della Rovere, dem späteren Papst mit dem Namen Julius II., in einen mächtigen Mauerring eingegliedert, der von Antonio da Sangallo dem Jüngeren und Baccio Pontelli entworfen wurde. Odoardo Farnese bereicherte 1610 den ornamentalen Teil, indem er Domenichino mit den heute zu bewundernden wertvollen Fresken beauftragte.